鱼粉的蛋白质腐败主要由于腐败菌等有害微生物的氧化分解，产生一些有毒物质如组织胺、挥发性盐基氮、生物胺（腐胺、尸胺、草丙胺等）、吲哚、硫醇、硫化氢、粪臭素等。
VBN（挥发性盐基氮）：蛋白质分解产生的一些挥发性胺（如二、三甲胺，主要是三甲胺，是季胺类含氮物经微生物还原产生的 ）和氨的总称，是腐败鱼粉恶臭的主要成分，是细菌繁殖，氨基酸及其它含氮化合物的分解产物，在鱼粉中会随鲜度的下降而增加。它们沸点低，具有挥发性，呈碱性（原料鱼腐烂、鱼粉加工、贮存过程微生物作用产生）。通常每100g鱼粉VBN含量低于50mg时表示鲜度优良，超过150 mg表示已开始腐败。新鲜鱼粉的VBN一般不超过110mg/100g。
生物胺通常是由腐烂的微生物合成，通常被认为具有潜在的毒性，有一定程度腐烂的副产品（包括肉骨粉、血粉、羽毛粉、鸡肉粉和鱼粉）通常是生物胺的最丰富来源。生物胺有多种，饲料研究中涉及的生物胺主要包括组胺（一种从组氨酸合成而来的局部激素）、酪胺（从酪氨酸合成而来）、尸胺（由赖氨酸合成）以及由鸟氨酸合成而来的哺乳动物聚胺（包括腐胺、亚精胺和精胺）。生物胺的研究在畜禽中开展得较早，已取得了不少有价值的结论。而鱼虾饲料中的相关研究还很有限，所得结论与畜禽中的也有较大差异。
有研究已提醒我们不应该总认为生物胺只是有毒物或化学诱食物，它们也可以用作非激素类的促生长物。
VBN是原料鱼新鲜程度的指标之一，但VBN会在鱼粉高温加工过程中会有部分挥发流逝。游离氨基酸在微生物各种作用下形成生物胺，如：组氨酸组胺、赖氨酸尸胺、精氨酸腐胺以及色氨酸色胺。这些生物胺不可挥发，可以有效地显示鱼粉等烘干产品原料鱼的新鲜程度。但在生产鱼粉过程中，也会有部分生物胺溶解在废液中而流失。鱼体中脂肪也会被氧化成各种醛酮等和分解成甘油和各种脂肪酸。酸价便是用来测定脂肪分解成脂肪酸的情况。在鱼体蛋白酶解变质过程中除了产生挥发性氮及生物胺外还会产生其他物质。
