防止交叉污染应注意以下几点：
1、生产工艺设计
要尽可能缩短输送距离，少用水平输送设备，尽量利用分配器和自流的形式。对于水平输送设备，应尽可能采用带自清功能的刮板输送机。在满足工艺要求的前提下，尽量减少物料提升次数和过渡料斗数量，吸风除尘系统尽可能设置独立风网。加药的复合预混合饲料的剂量和添加应尽量安排再混合机的上部，如果在计量和称重后必须提升或输送，要使用气力输送。
2、制定适当的饲料生产排序表
合理安排生产顺序可以有效防止交叉污染。由于配方、使用原料、加工工艺等方面的原因，上批产品会对下批产品产生影响，合理安排生产计划，做好生产排序工作就是要将这种不良影响减轻到最大限度内。一般原则是，先生产不含药饲料，再生产含药物饲料;生产加药饲料时，先加工含药量低的饲料，再加工含药量高的。更换原料品种时，即使清扫投料口及附近区域，合理控制输送设备运行时间。
3、静电附着
为消除静电，可以在被影响的设备上安装地线;也可以在容易附着饲料的部位安装振荡器，以振落附着物。
4、集尘系统
正确设计集尘风网的空气流速和压力，避免风力过大或过小。一条生产线只生产一种饲料的，收集的粉尘可以回放到下次生产中;连续生产多种饲料的，收集的粉尘应当废弃，避免回放交叉污染，对于生产加药物饲料过程中收集的粉尘，可以废弃不用，也可回放到下次合同一药物的饲料中。
5、混合机残留
混合机是最容易产生交叉污染的设备之一。由于混合机内部结构复杂，是固、液体原料的集结点，很容易在混合机浆叶、喷头周围、混合机顶部、混合机内壁四周产生原料残留，应当及时对混合机进行清理。
6、斗式提升机残留
对于斗式提升机要及时清洗，也可以考虑采用自清式斗式提升机。
7、料仓中残留
料仓设计要科学，当所存放的饲料种类改变时，应该人工进行检查及清理;也可安装振荡器或用空气清扫喷嘴除去残留的饲料。
8、调制器、制粒机及冷却器中的残留
对于冷却器中的残留，只要加以注意及时清除就可以解决。但对于调制器、制粒机中的残留，可采用“冲洗”的办法解决。“冲洗”就是使用一定数量的原料，如玉米粉、豆粕或麦麸等在设备中运转，带走先前加工药物饲料或动物源性饲料时设备上的残留，达到对设备进行清洁的效果。用过的冲刷料要贴上合适的标签存储或直接废弃。
