水产种苗质量包括繁殖用亲本质量和繁殖得到的鱼苗质量。对于养殖生产和重大疫病防控而言，以下三个重要问题是需要关注的。
1.繁殖亲本来源及其质量对苗种质量有决定性的影响
目前国内养殖的淡水鱼类、中华绒螯蟹等等，其亲本来自于自然水域环境、还是来自于池塘培育的后代选育的亲本，其繁殖的后代质量差异较大。
一般情况下，自然环境选育的亲本繁殖的后代在生长速度、抗病防病等方面要优于池塘养殖群体选择的亲本。尤其是草鱼、团头鲂、鲤鱼、中华绒螯蟹等。
2.亲本的营养和饲料对卵子、精子质量有重要影响
作为繁殖用的亲本，在营养需要和饲料方面与用于食用水产品养殖的饲料及其营养组成有较大的差异。主要体现在脂质营养、蛋白质营养和矿物质营养等方面，包括营养素种类、含量和比例关系。卵细胞直径大、细胞质中沉积的营养物质多，精子的活力强，卵子受精后发育较好，所得到的苗种质量更好。
因此，水产动物亲本的饲料，需要的蛋白质、脂类、矿物质类等与商品水产动物养殖的饲料有很大的差异。
受精卵在发育过程中，水产动物与其他动物受精卵发育过程类似，在原肠胚以前，受精卵发育的遗传信息主要来自于卵细胞的细胞质中RNA、即母原RNA，同时，胚胎发育至卵黄消失、消化道贯通(口、肛门形成)、具有一定摄食能力之前，其发育所需要的营养物质全部来自于卵细胞(卵黄)的营养物质。
因此，卵细胞、精子的质量对于胚胎发育、鱼苗的质量具有非常重要的作用。
3.部分病原生物具有垂直传播的途径
病原生物的垂直传播途径是指：病原生物在亲本中寄生、存在，可以通过卵子、精子传递给其繁殖的后代———苗种体内。
例如：目前研究发现的斑点叉尾鮰疱疹病毒、鲫鱼的疱疹病毒均有垂直传播途径的存在。这样的结果就是：斑点叉尾鮰、鲫鱼如果繁殖用的亲鱼带有这些病毒，这些病毒可以在卵细胞中存在，并通过受精卵的胚胎发育后传递给其苗种。
