畜牧兽医站是乡镇七站八所之一。过去主要是负责给乡镇各村屯的家畜防疫检验、诊疗阉割等事项，随着时代的发展，其工作职责发生了根本性变化，已由过去单一的防疫诊疗拓展为融合动物及动物产品的检验检疫、畜牧产品安全、兽医兽药、动物饲料及添加剂等与畜牧兽医相关的产品服务与监管于一体的职能体系。其机构性质也由过去的全民所有制机构，发展为国家机构编制部门认定的事业单位（1996年开展三定），少部分参公，绝大多数都列入公益一类事业范畴，由财政全额拨款供养。管理方式实行条块结合的双重领导，人财物接受上级农业农村局管理（原畜牧兽医局在2018年党政机构改革中已并入农业农村局），行政事务接受乡镇管理。有部分地区已下沉职能将畜牧兽医站划入乡镇机构管理范畴，农业农村局只负责业务指导。
从职责来看，乡镇畜牧兽医站除了动物防疫等服务职责外，有一个很重要的任务就是对乡镇畜牧兽医及其衍生产品的监管，具有一定的行政执法职责，按照机构改革的要求，应该列入参公管理的范畴。但实际上受乡镇机构和编制的限制，多数乡镇畜牧兽医站都没有参公，而是作为公益一类事业单位行使行政管理及执法职责，存在明显的混编混岗现象，因此长期以来都有将乡镇畜牧兽医站参公的呼声，至今都没有实现。
目前，随着乡镇机构改革的推进，不少地区的乡镇畜牧兽医站已经被列入改革目录，将其职能一分为二，一部分职责主要是指动物防疫监管职责划入乡镇综合执法大队，人员和编制随职能转隶，实行综合执法；其余职责全部并入乡镇新成立的农业农村服务中心，从事公益服务职责，不再保留畜牧兽医站单独机构设置。这是农牧业相对欠发达地区畜牧兽医站改革的情况。如果是农牧业比较发达的地区，多数仍保留了乡镇畜牧兽医站的设置，并进一步强化了机构和职责，有的还列入了参公管。地情不同，机构设置不一，具体要看当地实际情况。
